以下の手順で設定を行う。

1. Eclipseを起動する。
2. [ウィンドウ(W)]-[パースペクティブのカスタマイズ(Z)]を選択し、[使用可能項目(I)]-[その他]-[Tomcat]をチェックする。
3. [ウィンドウ(W)]-[パースペクティブのカスタマイズ(Z)]を選択し、[使用可能項目(I)]-[ファイル > 新規]-[Tomcatプロジェクト]をチェックする。
4. [ウィンドウ(W)]-[設定(P)]を選択し、[Tomcat]の設定項目を以下のように設定する。
• [Tomcatバージョン]は、“バージョン 4.1”を選択する。
• [Tomcatホーム]には、Tomcatのトップディレクトリを指定する。
5. [ウィンドウ(W)]-[設定(P)]を選択し、[Tomcat]-[Advanced]の設定項目を以下のように設定する。
• [Perspective to switch when Tomcat is started]を“デバッグ”に設定する。
6. [ウィンドウ(W)]-[設定(P)]を選択し、[Tomcat]-[Advanced]の設定項目を以下のように設定する。
• [Perspective to switch when Tomcat is started]を“None”に設定する。

Ｊａｖａのエラーが出力されるということは、ＪａｖａのヴァージョンがEclipseの必須条件を満たしていない場合がある。　また、条件を満たすＪａｖａをインストールしても同じエラーが出る場合、ＰＡＴＨの参照順位によっては旧版のＪａｖａ環境を見に行ってしまっていることがある。　例えばＯｒａｃｌｅがインストールされている場合、Ｏｒａｃｌｅが独自にＪａｖａのランタイム等をインストールしており、そこを参照してしまっている、などだ。
　まず、Eclipseが見に行っているＪａｖａのヴァージョンを確認すること。　エラーログが出力されている場合は、エラーログの先頭に参照しているＪａｖａのヴァージョンが記載されている。　旧版のＪａｖａを参照してしまっている場合は、環境変数のＰＡＴＨの設定を確認し、参照順位の上位に旧版Ｊａｖａのディレクトリがないか確認すること。

EclipseはTomcatとの連携動作をした時、Tomcatの設定ファイル（server.xml等）を書き換える。
　これはTomcatとの連係動作やデバッグ起動には特別な定義が必要なためだ。
　ほとんどの場合、Eclipseは終了時にTomcat設定ファイルへの変更をもとにもどすが、まれに設定が変更されたままになる場合がある。
　Eclipse+Tomcatでの開発を行う場合は、Tomcatの設定ファイルはこまめにバックアップするべきである。